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2017年12月29日金曜日

R Markdownしてみよう。

初めに

第2回 レポートづくりを加速せよ ~R Markdown環境の導入&チュートリアル~:R Markdownで楽々レポートづくり|gihyo.jp … 技術評論社
を参考にまずやってみる。

R Markdown環境の導入

R、Rstudio(rmarkdownパッケージ、pandoc)が入っているので大丈夫。
> library(rmarkdown)
> pandoc_available()
[1] TRUE
ほら大丈夫だった。で、早速RstudioでのR Markdownファイルの作り方が分からずこのページからの離脱。

次に

R Markdown - RStudio
ご本家のチュートリアルが凄く分かり易いことに気付いた。Get Startedする。
YouTubeのビデオはR Markdownで何ができるの?の雰囲気を掴むにはいい。見なくてもいい。

How It Works へと進む。

  1. You can download a copy here.”からサンプルファイル1-example .Rmdをダウンロードし、作業ディレクトリに配置。RStudioのメニューFile→Open Fileで同ファイルを開く。
  2. 背景色が白色の所と灰色の所で分けられた1-example .Rmdのウィンドウが開く。何か大層なもののように見えるけれど、1-example .Rmdをテキスト・エディタで開くとたった22行のとてもシンプルなテキストファイルであることが分かる。改めてRStudioの1-example .Rmdのウィンドウを見ると、同じじゃんと認識できる。
  3. ふむふむ。
    Notice that the file contains three types of content:
    • An (optional) YAML header surrounded by ---s
    • R code chunks surrounded by ```s
    • text mixed with simple text formatting
    YAMLヘッダとは何だ?これだ。
    Pandoc Extension: yaml_metadata_block - Pandoc User’s Guide
    Pandocというのは文章の形式を変えてくれるドキュメント変換ツールで、R markdownはPandocが対応している入出力書式の一つ。YAMLヘッダはPandocでyaml metadata blockとして定められているものということのようだ。日本語にしてくれている方がいる。
    Pandoc ユーザーズガイド 日本語版 YAMLメタデータブロック - Japanese Pandoc User's Association
    なるほど正式な規定はそれとして、概要を掴むにはこちらの方の情報が分かり易い。
    R Markdownのhtml_documentで指定できるyamlヘッダ項目について - Qiita
    で、結局サンプルファイルの1~4行目ということですね。
  4. 白と灰色の背景のウィンドウのことを言っているだけなので、Notebook Interfaceが~というのはあまり気にしなくてよくて、ポイントは14行目にある緑三角を押すこと。押すと、```で囲まれたR code chunksが実行された。おおぅ。
  5. で、Rendering outputせよと。記載通り実行してみる。
    library(rmarkdown)
    render("1-example.Rmd")
    動いたっぽい。けれども、結果は何処に?(→作業ディレクトリに1-example.htmlが出来ていた。)
    更に読み進めると、“Knit”ボタンを押すとRendering output(変換してファイルを作ること)とpreviewが一度にできると書いてある。そして押すと、おお分かり易い。
  6. その下に何をしているのかの説明があった。renderコマンドを実行すると.Rmdがknitrに渡されて、knitrはcode chunksを全て実行する。そしてコードと実行結果が含まれた新しいmarkdown (.md)書類を生成される。これをpandocが指定の形式に作り直す。
おおお、R Markdownが分かった気になった!



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